Um die EU-Kommission stärker einem einheitlichen europäischen Interesse statt den Interessen von 28 nationalen Regierungen zu unterwerfen, könnte ich mir z.B. eine Reform der Wahl der Kommission vorstellen.
http://www.mister-ede.de/politik/reform-wahl-eu-kommission/2936
Wenn die Kommission stärker demokratisch legitimiert und parlamentarisch kontrolliert wird, wäre die Troika automatisch auch zumindest etwas legitimierter und kontrollierter, da die Kommission wesentlicher Teil der Troika ist.